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R 사용자 전문가, 의 기능.R 프로파일?
저는 항상 다른 사람들의 스타트업 프로필 파일이 언어에 대해 유용하고 유익하다는 것을 발견했습니다.또한, Bash와 Vim에 대한 사용자 지정은 있지만 R에 대한 사용자 지정은 없습니다.
예를 들어, 제가 항상 원했던 한 가지는 창 단말기의 입력 및 출력 텍스트에 대한 다른 색상, 심지어 구문 강조도 있습니다.
여기 제 거예요.색칠하는 데 도움이 되지는 않겠지만 ESS와 Emacs에서 얻은 것입니다.
options("width"=160) # wide display with multiple monitors
options("digits.secs"=3) # show sub-second time stamps
r <- getOption("repos") # hard code the US repo for CRAN
r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)
## put something this is your .Rprofile to customize the defaults
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
function(...) grDevices::X11.options(width=8, height=8,
xpos=0, pointsize=10,
#type="nbcairo")) # Cairo device
#type="cairo")) # other Cairo dev
type="xlib")) # old default
## from the AER book by Zeileis and Kleiber
options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
options("pdfviewer"="okular") # on Linux, use okular as the pdf viewer
저는 매번 '머리', '요약', '이름'이라는 전체 단어를 입력하는 것을 싫어하기 때문에 가명을 사용합니다.
에 별칭을 넣을 수 있습니다.Rprofile 파일이지만 함수에 대한 전체 경로를 사용해야 합니다(예: utils::head) 그렇지 않으면 작동하지 않습니다.
# aliases
s <- base::summary
h <- utils::head
n <- base::names
편집: 질문에 대답하기 위해 컬러 아웃 패키지를 사용하여 터미널에서 다른 색상을 사용할 수 있습니다.멋지다! :-)
options(stringsAsFactors=FALSE)
제 몸에 그런 게 없는데도 말입니다.Rprofile, 내 공동 작성자들의 코드가 깨질 수도 있기 때문에, 나는 그것이 기본값이기를 바랍니다. 왜죠?
문자 벡터는 메모리를 적게 사용합니다(그러나 거의 사용하지 않습니다).
더 중요한 것은 다음과 같은 문제를 방지할 수 있다는 것입니다.
> x <- factor(c("a","b","c"))
> x
[1] a b c
Levels: a b c
> x <- c(x, "d")
> x
[1] "1" "2" "3" "d"
그리고.
> x <- factor(c("a","b","c"))
> x[1:2] <- c("c", "d")
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, 1:2, value = c("c", "d")) :
invalid factor level, NAs generated
요인이 필요할 때(예: 그래프에서 순서를 지정하는 구현) 중요하지만 대부분의 경우 성가신 요인이 됩니다.
R 명령 기록을 저장하고 R을 실행할 때마다 사용할 수 있도록 하는 것이 좋습니다.
셸 또는 .bashrc에서:
export R_HISTFILE=~/.Rhistory
.R 프로파일:
.Last <- function() {
if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
require(utils)
try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
}
}
다음은 창 작업에 유용한 두 가지 기능입니다.
첫 번째는 다음을 변환합니다.\/.
.repath <- function() {
cat('Paste windows file path and hit RETURN twice')
x <- scan(what = "")
xa <- gsub('\\\\', '/', x)
writeClipboard(paste(xa, collapse=" "))
cat('Here\'s your de-windowsified path. (It\'s also on the clipboard.)\n', xa, '\n')
}
두 번째는 새 탐색기 창에서 작업 디렉토리를 엽니다.
getw <- function() {
suppressWarnings(shell(paste("explorer", gsub('/', '\\\\', getwd()))))
}
제 것은 여기 있어요.저는 항상 메인 크랜 저장소를 사용하며, 개발 중인 패키지 코드를 쉽게 소스할 수 있는 코드를 가지고 있습니다.
.First <- function() {
library(graphics)
options("repos" = c(CRAN = "http://cran.r-project.org/"))
options("device" = "quartz")
}
packages <- list(
"describedisplay" = "~/ggobi/describedisplay",
"linval" = "~/ggobi/linval",
"ggplot2" = "~/documents/ggplot/ggplot",
"qtpaint" = "~/documents/cranvas/qtpaint",
"tourr" = "~/documents/tour/tourr",
"tourrgui" = "~/documents/tour/tourr-gui",
"prodplot" = "~/documents/categorical-grammar"
)
l <- function(pkg) {
pkg <- tolower(deparse(substitute(pkg)))
if (is.null(packages[[pkg]])) {
path <- file.path("~/documents", pkg, pkg)
} else {
path <- packages[pkg]
}
source(file.path(path, "load.r"))
}
test <- function(path) {
path <- deparse(substitute(path))
source(file.path("~/documents", path, path, "test.r"))
}
(리눅스에서) COLUMNS 환경 변수에서 읽으려고 시도하는 전체 터미널 너비를 사용하는 보다 동적인 트릭이 있습니다.
tryCatch(
{options(
width = as.integer(Sys.getenv("COLUMNS")))},
error = function(err) {
write("Can't get your terminal width. Put ``export COLUMNS'' in your \
.bashrc. Or something. Setting width to 120 chars",
stderr());
options(width=120)}
)
이렇게 하면 터미널 창 크기를 조정할 때도 R이 전체 너비를 사용합니다.
대부분의 개인 기능과 로드된 라이브러리는 Rfunctions.r 스크립트에 있습니다.
source("c:\\data\\rprojects\\functions\\Rfunctions.r")
.First <- function(){
cat("\n Rrrr! The statistics program for Pirates !\n\n")
}
.Last <- function(){
cat("\n Rrrr! Avast Ye, YO HO!\n\n")
}
#===============================================================
# Tinn-R: necessary packages
#===============================================================
library(utils)
necessary = c('svIDE', 'svIO', 'svSocket', 'R2HTML')
if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
install.packages(c('SciViews', 'R2HTML'), dep = T)
options(IDE = 'C:/Tinn-R/bin/Tinn-R.exe')
options(use.DDE = T)
library(svIDE)
library(svIO)
library(svSocket)
library(R2HTML)
guiDDEInstall()
shell(paste("mkdir C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep=""))
pldir <- paste("C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep="")
plot.str <-c('savePlot(paste(pldir,script,"\\BeachSurveyFreq.pdf",sep=""),type="pdf")')
여기 제 ~/의 편지입니다.Mac 및 Linux용으로 설계된 Rprofile.
오류를 쉽게 볼 수 있습니다.
options(showWarnCalls=T, showErrorCalls=T)
저는 CRAN 메뉴 선택이 싫으니 좋은 메뉴로 설정하세요.
options(repos=c("http://cran.cnr.Berkeley.edu","http://cran.stat.ucla.edu"))
더 많은 역사!
Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')
다음은 터미널에서 Mac OSX에서 실행하기 위한 것입니다(이는 R.app이 더 안정적이고 디렉토리별로 작업을 구성할 수 있으며 ~/.inputrc도 제대로 얻을 수 있기 때문에 R.app보다 훨씬 선호합니다).기본적으로 X11 디스플레이는 보기에 좋지 않습니다. 대신 GUI와 동일한 쿼츠 디스플레이를 제공합니다.그if진술은 당신이 맥에서 터미널에서 R을 실행할 때 사건을 포착하도록 되어 있습니다.
f = pipe("uname")
if (.Platform$GUI == "X11" && readLines(f)=="Darwin") {
# http://www.rforge.net/CarbonEL/
library("grDevices")
library("CarbonEL")
options(device='quartz')
Sys.unsetenv("DISPLAY")
}
close(f); rm(f)
그리고 도서관 몇 개를 미리 설치하고,
library(plyr)
library(stringr)
library(RColorBrewer)
if (file.exists("~/util.r")) {
source("~/util.r")
}
여기서 util.r은 제가 사용하는 물건들의 무작위 가방입니다.
또한 다른 사람들이 콘솔 너비를 언급했기 때문에, 제가 수행하는 방법은 다음과 같습니다.
if ( (numcol <-Sys.getenv("COLUMNS")) != "") {
numcol = as.integer(numcol)
options(width= numcol - 1)
} else if (system("stty -a &>/dev/null") == 0) {
# mac specific? probably bad in the R GUI too.
numcol = as.integer(sub(".* ([0-9]+) column.*", "\\1", system("stty -a", intern=T)[1]))
if (numcol > 0)
options(width= numcol - 1 )
}
rm(numcol)
이은실없다니습에 ..Rprofile터미널 창 크기를 조정할 때마다 다시 실행해야 하기 때문입니다.에 있습니다.util.r필요에 따라 소스를 제공합니다.
내 것은 다음과 같습니다.
.First <- function () {
options(device="quartz")
}
.Last <- function () {
if (!any(commandArgs() == '--no-readline') && interactive()) {
require(utils)
try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
}
}
# Slightly more flexible than as.Date
# my.as.Date("2009-01-01") == my.as.Date(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
my.as.Date <- function (a, b=NULL, c=NULL, ...) {
if (class(a) != "character")
return (as.Date(sprintf("%d-%02d-%02d", a, b, c)))
else
return (as.Date(a))
}
# Some useful aliases
cd <- setwd
pwd <- getwd
lss <- dir
asd <- my.as.Date # examples: asd("2009-01-01") == asd(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
last <- function (x, n=1, ...) tail(x, n=n, ...)
# Set proxy for all web requests
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.0.200:80/")
# Search RPATH for file <fn>. If found, return full path to it
search.path <- function(fn,
paths = strsplit(chartr("\\", "/", Sys.getenv("RPATH")), split =
switch(.Platform$OS.type, windows = ";", ":"))[[1]]) {
for(d in paths)
if (file.exists(f <- file.path(d, fn)))
return(f)
return(NULL)
}
# If loading in an environment that doesn't respect my RPATH environment
# variable, set it here
if (Sys.getenv("RPATH") == "") {
Sys.setenv(RPATH=file.path(path.expand("~"), "Library", "R", "source"))
}
# Load commonly used functions
if (interactive())
source(search.path("afazio.r"))
# If no R_HISTFILE environment variable, set default
if (Sys.getenv("R_HISTFILE") == "") {
Sys.setenv(R_HISTFILE=file.path("~", ".Rhistory"))
}
# Override q() to not save by default.
# Same as saying q("no")
q <- function (save="no", ...) {
quit(save=save, ...)
}
# ---------- My Environments ----------
#
# Rather than starting R from within different directories, I prefer to
# switch my "environment" easily with these functions. An "environment" is
# simply a directory that contains analysis of a particular topic.
# Example usage:
# > load.env("markets") # Load US equity markets analysis environment
# > # ... edit some .r files in my environment
# > reload() # Re-source .r/.R files in my environment
#
# On next startup of R, I will automatically be placed into the last
# environment I entered
# My current environment
.curr.env = NULL
# File contains name of the last environment I entered
.last.env.file = file.path(path.expand("~"), ".Rlastenv")
# Parent directory where all of my "environment"s are contained
.parent.env.dir = file.path(path.expand("~"), "Analysis")
# Create parent directory if it doesn't already exist
if (!file.exists(.parent.env.dir))
dir.create(.parent.env.dir)
load.env <- function (string, save=TRUE) {
# Load all .r/.R files in <.parent.env.dir>/<string>/
cd(file.path(.parent.env.dir, string))
for (file in lss()) {
if (substr(file, nchar(file)-1, nchar(file)+1) %in% c(".r", ".R"))
source(file)
}
.curr.env <<- string
# Save current environment name to file
if (save == TRUE) writeLines(.curr.env, .last.env.file)
# Let user know environment switch was successful
print (paste(" -- in ", string, " environment -- "))
}
# "reload" current environment.
reload <- resource <- function () {
if (!is.null(.curr.env))
load.env(.curr.env, save=FALSE)
else
print (" -- not in environment -- ")
}
# On startup, go straight to the environment I was last working in
if (interactive() && file.exists(.last.env.file)) {
load.env(readLines(.last.env.file))
}
sink(file = 'R.log', split=T)
options(scipen=5)
.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by = "Size", decreasing=TRUE, head = TRUE, n = 10) {
# based on postings by Petr Pikal and David Hinds to the r-help list in 2004
# modified by: Dirk Eddelbuettel (http://stackoverflow.com/questions/1358003/tricks-to- manage-the-available-memory-in-an-r-session)
# I then gave it a few tweaks (show size as megabytes and use defaults that I like)
# a data frame of the objects and their associated storage needs.
napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
fn(get(x, pos = pos)))
names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
obj.mode <- napply(names, mode)
obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
obj.size <- napply(names, object.size) / 10^6 # megabytes
obj.dim <- t(napply(names, function(x)
as.numeric(dim(x))[1:2]))
vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.dim)
names(out) <- c("Type", "Size", "Rows", "Columns")
out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
if (head)
out <- head(out, n)
out
}
data.frame을 'head'라고 입력하지 않고 'head'와 비슷하게 표시합니다.
print.data.frame <- function(df) {
if (nrow(df) > 10) {
base::print.data.frame(head(df, 5))
cat("----\n")
base::print.data.frame(tail(df, 5))
} else {
base::print.data.frame(df)
}
}
('헤드'를 출력에 자동으로 적용하는 방법은 무엇입니까?)
자주 전화해야 하는 디버그 호출이 있는데, 이 호출에 주석을 다는 것은 매우 지루할 수 있습니다.SO 커뮤니티의 도움으로, 저는 다음과 같은 해결책을 찾았고 이것을 저의 웹사이트에 삽입했습니다..Rprofile.site.# BROWSER작업 보기 창에서 브라우저 호출의 개요를 볼 수 있도록 Eclipse 작업에 사용할 수 있습니다.
# turn debugging on or off
# place "browser(expr = isTRUE(getOption("debug"))) # BROWSER" in your function
# and turn debugging on or off by bugon() or bugoff()
bugon <- function() options("debug" = TRUE)
bugoff <- function() options("debug" = FALSE) #pun intended
내 것은 너무 화려하지 않습니다.
# So the mac gui can find latex
Sys.setenv("PATH" = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))
#Use last(x) instead of x[length(x)], works on matrices too
last <- function(x) { tail(x, n = 1) }
#For tikzDevice caching
options( tikzMetricsDictionary='/Users/cameron/.tikzMetricsDictionary' )
setwd("C://path//to//my//prefered//working//directory")
library("ggplot2")
library("RMySQL")
library("foreign")
answer <- readline("What database would you like to connect to? ")
con <- dbConnect(MySQL(),user="root",password="mypass", dbname=answer)
저는 mysql 데이터베이스에서 많은 작업을 하기 때문에 바로 연결하는 것은 좋은 일입니다.사용 가능한 데이터베이스를 나열하여 다른 이름을 모두 기억할 필요가 없기를 바랄 뿐입니다.
스티븐 터너의 게시물.R 프로파일에는 몇 가지 유용한 별칭과 시작 기능이 있습니다.
나는 그의 ht와 hh를 자주 사용하는 나 자신을 발견합니다.
#ht==headtail, i.e., show the first and last 10 items of an object
ht <- function(d) rbind(head(d,10),tail(d,10))
# Show the first 5 rows and first 5 columns of a data frame or matrix
hh <- function(d) d[1:5,1:5]
여기 언급된 아이디어 중 일부를 포함하여 제 것이 있습니다.
다음 두 가지 사항을 살펴보십시오.
- .set.width() / w() 인쇄 폭을 터미널 중 하나로 업데이트합니다.안타깝게도 터미널 크기 조정 시 자동으로 이 작업을 수행할 수 있는 방법을 찾지 못했습니다. R 설명서에 일부 R 인터프리터가 수행한다고 나와 있습니다.
- 기록은 타임스탬프 및 작업 디렉토리와 함께 매번 저장됩니다.
.
.set.width <- function() {
cols <- as.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))
if (is.na(cols) || cols > 10000 || cols < 10)
options(width=100)
options(width=cols)
}
.First <- function() {
options(digits.secs=3) # show sub-second time stamps
options(max.print=1000) # do not print more than 1000 lines
options("report" = c(CRAN="http://cran.at.r-project.org"))
options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
}
# aliases
w <- .set.width
.Last <- function() {
if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
timestamp(,prefix=paste("##------ [",getwd(),"] ",sep=""))
try(savehistory("~/.Rhistory"))
}
}
다음을 사용하여 RStudio의 "Compile PDF" 버튼으로 작업할 cacheSweave(또는 pgfSweave)를 가져옵니다.
library(cacheSweave)
assignInNamespace("RweaveLatex", cacheSweave::cacheSweaveDriver, "utils")
내 것은 다음을 포함합니다.options(menu.graphics=FALSE)R에서 CRAN 미러 선택을 위해 tclk 팝업을 비활성화/억제하는 것을 좋아하기 때문입니다.
제 것은 여기 있어요.너무 혁신적인 것은 없습니다.왜 특정한 선택을 하는지에 대한 생각:
- 에 대한 기본 설정을 수행했습니다.
stringsAsFactorsCSV를 읽을 때마다 인수로 전달하는 것이 매우 피곤하기 때문입니다.그렇긴 하지만, 제 컴퓨터가 없는 컴퓨터에서 제가 평소 사용하던 컴퓨터로 작성한 코드를 사용할 때 이미 약간의 번거로움이 있었습니다.R 프로파일.하지만, 저는 그것이 야기한 문제들로, 그것이 매일 그것을 설정하지 않은 문제들에 비해 창백하게 유지하고 있습니다. - 로드하지 않으면
utils앞으로 포장options(error=recover)내부에 배치하면 복구를 찾을 수 없습니다.interactive()블록으로 막다 - 사용한
.db내 드롭박스 설정 대신options(dropbox=...)안에서 항상 사용하기 때문입니다.file.path타이핑을 많이 줄일 수 있습니다.선두의.에 표시되지 않도록 합니다.ls().
추가 작업 없이:
if(interactive()) {
options(stringsAsFactors=FALSE)
options(max.print=50)
options(repos="http://cran.mirrors.hoobly.com")
}
.db <- "~/Dropbox"
# `=` <- function(...) stop("Assignment by = disabled, use <- instead")
options(BingMapsKey="blahblahblah") # Used by taRifx.geo::geocode()
.First <- function() {
if(interactive()) {
require(functional)
require(taRifx)
require(taRifx.geo)
require(ggplot2)
require(foreign)
require(R.utils)
require(stringr)
require(reshape2)
require(devtools)
require(codetools)
require(testthat)
require(utils)
options(error=recover)
}
}
다음은 테이블을 LaTeX로 내보내는 데 사용할 수 있는 작은 조각입니다.내가 작성하는 많은 보고서에 대해 모든 열 이름이 수학 모드로 변경됩니다.나의 나머지.R 프로파일은 상당히 표준적이며 대부분 위에서 다룹니다.
# Puts $dollar signs in front and behind all column names col_{sub} -> $col_{sub}$
amscols<-function(x){
colnames(x) <- paste("$", colnames(x), "$", sep = "")
x
}
저는 제 프로필에 격자 색상 테마를 설정했습니다.다음은 제가 사용하는 두 가지 다른 조정입니다.
# Display working directory in the titlebar
# Note: This causes demo(graphics) to fail
utils::setWindowTitle(base::getwd())
utils::assignInNamespace("setwd",function(dir) {.Internal(setwd(dir));setWindowTitle(base::getwd())},"base")
# Don't print more than 1000 lines
options(max.print=2000)
패키지의 상위 디렉터리를 가리키는 환경 변수 R_USER_WORKspace가 있습니다..Rprofile에서 나는 작업 디렉토리를 설정하고(데이터() 작동하도록) R 하위 디렉토리의 모든 .R 파일의 소스를 제공하는 함수 devlib를 정의합니다.위의 hadley의 l() 함수와 상당히 유사합니다.
devlib <- function(pkg) {
setwd(file.path(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."), deparse(substitute(pkg)), "dev"))
sapply(list.files("R", pattern=".r$", ignore.case=TRUE, full.names=TRUE), source)
invisible(NULL)
}
.First <- function() {
setwd(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."))
options("repos" = c(CRAN = "http://mirrors.softliste.de/cran/", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
}
.Last <- function() update.packages(ask="graphics")
저는 두 가지 기능이 정말 필요하다고 생각했습니다.내가 설정한 첫 번째debug()몇 가지 기능에서 그리고 나는 버그를 해결했다, 그래서 나는 원한다.undebug()모든 기능 - 하나씩이 아닙니다.그undebug_all()여기서 수락된 답변으로 기능이 추가되었습니다.
둘째, 많은 함수를 정의하고 특정 변수 이름을 찾고 있을 때 모든 결과 내에서 찾기가 어렵습니다.ls()함수 이름을 포함합니다.그lsnofun()여기에 게시된 기능은 정말 좋습니다.
언급URL : https://stackoverflow.com/questions/1189759/expert-r-users-whats-in-your-rprofile
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